L’IFPC est financé sur son programme annuel :
- Par une CVE (Cotisation Volontaire Etendue), collectée par l’UNICID, acquittée paritairement par les producteurs et les transformateurs
- Par une dotation du Ministère de l’agriculture et de l'alimentation (programme de Développement Agricole et Rural)
- Par une dotation du Ministère de la Recherche dans le cadre de l'UMT Nova²cidre (réseau ACTIA)
L’IFPC est également financé sur des appels à projets, financements déclinables par projet d'expérimentation et principalement obtenus dans le cadre d'appels à projets CAS DAR, FranceAgriMer, Régions (Normandie, Bretagne, Pays de Loire).
Budget réalisé 2016 : 1 328 272 €